指導の時間に親が帰ってなくても大丈夫?

はい、大丈夫です。
実際にデスクスタイルで任せてもらっているご家庭の中でも共働きのご家庭が少なくありません。
指導が終わるまでにご帰宅されていれば先生の方から指導内容を報告していますし、間に合わない場合でも指導報告書にて状況を確認して頂いていますのでご安心下さい。